室町時代の中頃、近江国栗太郡四図郷に目川城という砦がありました。
目川城主芝原右京亮太郎重綱は、応仁・文明の大乱において京都で参陣、戦場に没しました。重綱には三人の男児があり、その第三男を芝原又四郎重清といいました。
重清は、武門に生まれながらも、若年のころより道心篤く、出家してはじめは金勝寺の衆徒となり十輪坊に住しましたが、その後、本願寺第八代宗主蓮如上人の教化に深く感銘し、上砥山に一宇の草案を建てて浄土真宗の道場とし、玄意と名乗りました。これが勝専寺初代住職です。
大永2年(1522)11月24日、玄意61歳の時、本願寺第九代宗主実如上人より方便法身尊像（ご本尊）をたまわり、草案に安置しました。これが「砥山道場」と呼ばれるもので、このときを勝専寺の開基（創設）とします。玄意は、天文13年（1544）に83歳で示寂しました。
その後、慶応12年（1607）、第三代住職のときに、本願寺第十二代准如上人から「勝専寺」という寺号と木造本尊（現在の勝専寺本堂のご本尊）をたまわり、このときから「勝専寺」と称するようになって今日に至っています。